手数料の支払いは下記の三つの方法があります。
それぞれ見ていきましょう。
１．特許印紙による支払い
自治体や行政機関に対する法定費用の支払いついては、従来から収入印紙を利用する方法が一般的にとられています。
特許庁に対する支払いにおいては、特許印紙という産業財産権制度専用の印紙を利用することになっています。
特許印紙は全国の集配郵便局（集配作業を行っている拠点の郵便局）で購入でき、額面は、10円から10万円まで11種類あります。
所定の費用に相当する印紙を購入して、各手続書面にはり付けて提出します。
ただし、度々手続き書類を提出しなければならないときにそれでは面倒。
そこで、予納制度というものができました。
あらかじめ特許印紙をまとめて購入して特許庁に納めておき、手続の際、実際にかかった手数料額を引き落とす仕組みです。
予約制度は、書面による出願だけではなくオンライン出願でも利用できます。
２．現金での納付
予約制度の導入によって支払いは効率的になりましたが、それでも、いちいち特許印紙を購入して特許庁に収めるというのも面倒な話です。
郵送する際に紛失するリスクもあり、安全面でも適切とは言えません。
なにより事務効率が極めて悪いと言えます。
いまの時代にそぐわない方法です。
そこで、平成8年10月、もよりの金融機関を通して現金で費用を納付できる現金納付制度がスタートしました。
現金をいったん特許印紙に変えて納付するという面倒な手続きがすべて省略できるという点で非常に画期的な制度です。
現金納付制度を利用する際は、特許庁からもらった納付書を使って金融機関で払い込み、納付済証を受け取って手続き書面に貼り付けます。
オンライン出願の場合は、納付書に記載された納付書番号を所定の欄に記載して申請します。
３．口座振替の利用
現金納付制度ができたことで、手数料の支払いはかなり合理化されました。
それでも、いちいち納付書を取り寄せ、金融機関の窓口に出向くという不便は残ります。
電子決済が主流になったビジネスの世界で、金融機関に直接出向くような機会はほとんどなくなりました。
こうした情勢を受けて、平成21年１月１日、ついに口座振替制度ができました。
一般的な取引と同様、自分の預金口座から手数料をリアルタイムで引き落とすことができる制度です。
ただし、口座振替制度を利用できるのは、オンライン出願に限られます。
また、特許庁に事前登録を行い、振替番号登録通知を入手する必要があります。
口座振替を利用するには、特許料等手数料ダイレクト方式預金口座振替納付申出書兼特許料等手数料ダイレクト方式預金口座振替依頼書（口座振替依頼書）を入手し、予め特許庁に提出します。
なお、口座振替依頼書は特許庁のホームページから入手できます。
現在でも、特許印紙や現金納付制度も利用可能ですが、オンライン出願が主流になった現在、支払いも口座振替が圧倒的になっています。